1990'dan bu yana değişik Sufi gruplar ile Avrupa, Kanada, ABD ve Türkiye'de müzik çalışmalarına devam eden sanatçının "Mercan Dede Ensemble" grubu 1997 yılında kuruldu. Mercan Dede'nin ilk albümü "Sufi Dreams" bağımsız bir plak şirketi olan Golden Horn şirketi tarafından çok az sayıda basılıp dağıtıldı Buna rağmen gerek Kuzey Amerika gerekse Avrupa'da çok olumlu eleştiriler aldı. Alman televizyonu Saarlandischer Rundfunk Sufi kültürü üzerine hazırladığı belgeselde Mercan Dede'ye yer verdi. Belgeselin müziği ise yine Mercan Dede tarafından yapıldı. Sanatçının 2. albümü "Journey's of a Dervish" 1999 yılında Goldenhorn Plak Şirketi'nden çıktı.
Reji ve koreografisini Beyhan Murphy'nin gerçekleştirdiği ve Modern Dans Topluluğu tarafından sergilenen “Seyahatname 2001” adli gösteri için bestelenen müziklerden oluşan Seyahatname albümü Doublemoon etiketiyle yayınlandı. Yine aynı yıl dünyanın en prestijli caz festivallerinden Uluslararasi Montreal Jazz Festivali'nin "Doğu ile Bati Buluşuyor" baslıklı konserinde, Burhan Öçal ve Jamaaladeen Tacuma ile Mercan Dede trio olarak 170.000 kişinin önünde sahneye çıktı. Yeni projesi Secret Tribe ile Banlieues Bleues Festival, Rasa Cultur Center, Bimhuis gibi Avrupa’nın önemli caz ve dünya müziği kulüpleri ve festivallerini içeren Türkiye/Avrupa turnesini gerçekleştirdi. Olumlu eleştiriler üzerine Secret Tribe ile 2002 yılında 2. albümleri “Nar” Doublemoon tarafından yayınlandı.
Secret Tribe ile katıldığı dünya müziğinin en önemli iki festivali Womex ve Transmusicale de Rennes’deki büyük ilgiden sonra 2003 yazında 30 konserlik Avrupa turunda dünyanın sayılı festivallerinden Montreux Jazz Festivali (Isviçre), JazzaVienne (Fransa), Etnosur (Ispanya), World Roots Festival (Hollanda), Popdeurope (Almanya)'da sahne aldı. Avrupa turnesinin başarısı Womex 2003'te BBC Radio 3 Awards'da "Orta-Doğu ve Kuzey Afrika"ile "Club Global" olmak üzere iki dalda ödüle aday gösterilmesini sağladı. Mercan Dede 2003'te 2 dalda ödüle aday olan tek sanatçı oldu.
Müzisyenliği süresince Kani Karaca, Ihsan Özgen, Peter Murphy, Natacha Atlas, Musafir, Ilhan Erşahin, Jamaledeen Tacuma, Hugh Marsh, Omar Sosa, Mich Gerber, Fazıl Say, Susheela Raman, Trans Global Underground, Dhafer Youssef gibi klasik, dünya ve alternatif müziğinin dev isimleri ile aynı sahnede yer alan Mercan Dede aynı zamanda yapımcı olarak da bir çok çalışmaya katildi. Peter Murphy'nin son albümünde ortak yapımcılığı üstlenen sanatçı Nusrat Fateh Ali Khan'in yapımcılarından Real World Şirketi’nin yapımcısı Michael Brooks, Groove A La Turca'nin yaratıcısı ve elektrik bas gitarın ustası Jamaledden Tacuma, arka arkaya 6 yıl Kanada’nın en iyi emprovizasyon sanatçısı ödülünü alan Hugh March ile ortak albümler hazırladı.
Ocak 2004'de genç yeteneklerden oluşan bir grup kuran Mercan Dede New York’ta düzenlenen ve 5 kıtadan 16 farklı müzisyen ve grubun katıldığı “GlobalFEST” adli festivale konuk oldu. Dede, ayrıca, Kültür Bakanlığı tarafından başlatılan ve Türkiye’ye kültürel alanda dünyada temsil edecek olan “Güldestan Projesi”nin de müzik direktörlüğüne getirildi.
Sanatçının Mercan Dede kimliğindeki acemilikten çıraklığa geçişi olarak tanımladığı 5. albümü “Su” Ağustos 2004'de piyasaya çıktı. “Su”ya Hugh Marsh, Susheela Raman,Özcan Deniz, Sabahat Akkiraz, Dhafer Youssef, Ceza, Göksel Baktagir gibi ünlü müzisyenler konuk oldular. Yeni albümle beraber yine yollara düşen sanatçı, Malta Dünya Müzikleri Festivali’ne katıldı.
Kasım 2007'de çıkardığı ve Celaleddin-i Rumî'nin 800. doğum yıldönümüne atfen "800" olarak adlandırdığı albümü özellikle Avrupa'da ilgi görmüş, Avrupa Dünya Müziği Listesi'nde (World Music Chart Europe) 2008 yılının Nisan ayında birinci sıraya yükselmiştir.